W grudniu Jan opuścił Pragę i przebywał na Kozim Hradku, a potem na Krakovci.

W lutym 1413 roku zebrał się synod, na którym strona teologiczna i husyci byli reprezentowani przez znanych teologów. Ponieważ nie udało się wypracować kompromisu, powołano specjalną komisję, w skład której wchodzili m.in. dawni zwolennicy Husa Štěpán z Pálče i Stanislav ze Znojma (obaj porzucili jego nauki i stali się jego wrogami) oraz zwolennik oskarżonego Jan z Jesenice. Komisja nie osiągnęła jednak porozumienia, wobec czego król ją rozwiązał. W tym samym roku, do Husa dotarła wiadomość od Zygmunta Luksemburskiego o nakazie stawienia się na nowym soborze. 11 października wyruszył do Konstancji, a tydzień później otrzymał od króla Zygmunta list żelazny. 5 listopada przybył do miasta, a cztery dni później, ze względu na liczne prośby, anatema została zawieszona. 28 listopada został wezwany na przesłuchanie, które dotyczyło transsubstancjacji i boskiej natury Jezusa. Poskutkowało to zamknięciem Husa w dominikańskim klasztorze. Tam miała go przesłuchać papieska komisja, jednak w grudniu zachorował i przesłuchanie trzeba było odłożyć o dwa miesiące. Gdy komisja skończyła przesłuchanie, spośród 42 zarzutów o herezję, w mocy utrzymała 10.