Ze względu na możliwość rotacji wokół pojedynczych wiązań , związki te mogą tworzyć izomery konformacyjne. Najniższą energię, a co za tym idzie, najwyższą trwałość mają konfromery, w których wiązania znajdują się w układzie naprzemianległym, a atomy węgla znajdują się w pozycjach antiperipalanarnych (trans). W warunkach normalnych zmiany konformacji alkanów następują bardzo szybko i nie można wyizolować poszczególnych konformerów.
Przykładowe konformacje naprzemianległe n-pentanu (deskryptory określają kąt torsyjny dla atomów i ):
Łańcuchy rozgałęzione Co najmniej jeden z atomów węgla jest związany z więcej niż dwoma innymi atomami węgla, cała cząsteczka zawiera więcej niż dwie grupy metylowe.
Przykłady dla pięciu atomów węgla – rozgałęzione izomery konstytucyjne pentanu:
Liczba istniejących izomerów konstytucyjnych węglowodorów o łańcuchach rozgałęzionych rośnie bardzo szybko wraz z liczbą atomów węgla tworzących cząsteczkę. W powyższym przykładzie alkanów zawierających 5 atomów węgla, są to 3 izomery: n-pentan, izopentan i neopentan.