Działalność w latach 1962–1968 Od 1962 wraz z Karolem Modzelewskim był współinicjatorem zebrań działaczy studenckich z okresu października 1956 i nieco młodszych, którzy stworzyli Polityczny Klub Dyskusyjny przy ZMS na UW. Celem było ponowne ożywienie ruchu młodzieżowego i krytyka władz PZPR za odejście od programu głębokich zmian formułowanego w 1956. W wyniku nacisków Komitetu Warszawskiego PZPR jesienią 1963 klub został zlikwidowany. Z powodu radykalnie krytycznych opinii o polityce władz Jacek Kuroń od 1963 był rozpracowywany przez funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa w ramach sprawy „Watra”, prowadzonej do 1989.
W 1964 uczestniczył w zebraniach wąskiej grupy (także Karol Modzelewski, Stanisław Gomułka, Bolesław Tejkowski, Andrzej Mazur), która – przy użyciu kryteriów i metodologii marksizmu – analizowała ustrój polityczny i gospodarczy PRL, narastające w nim konflikty klasowe, a także przewidywała rewolucję. Latem 1964 na podstawie tych dyskusji Jacek Kuroń i Karol Modzelewski napisali memoriał-broszurę przeznaczoną do tajnego kolportażu. Tezą główną było stwierdzenie, że władzę w państwie sprawuje centralna polityczna biurokracja, która zawłaszczyła środki produkcji, aparat państwa i partii, wszelkie środki kontroli i rewindykacji robotniczych.