W 1971 roku został aresztowany pod pozorem zlecenia zabójstwa kilku byłych członków swej organizacji. W lipcu 1975 roku Ananda Marga została oficjalnie zakazana w Indiach. Wraz z nią zamknięto Uniwersytet Proutowski oraz uwięziono wielu działaczy opozycji rządu Indiry Gandhi. Zwolennicy P.R. Sarkara uważali jednak, że prawdziwym powodem uwięzienia ich guru było otwarte sprzeciwianie się korupcji w rządzie indyjskim oraz duchowa i społeczna aktywność.
Sarkar składał zażalenia odnośnie do tortur, jakim byli poddawani jego aczarjowie oraz złym warunkom bytowym panującym w więzieniu. Sąd uznał go winnym i skazał na dożywotnie pozbawienie wolności. 12 lutego 1973 roku próbowano go otruć. Po tym zamachu niemalże utracił wzrok, przeżył jednak i na znak protestu do końca swego pobytu w więzieniu prowadził strajk głodowy – przyjmował dwie szklanki jogurtu dziennie. Trwało to pięć i pół roku i wyniszczyło jego organizm. Sarkar domagał się apelacji i uniewinnienia oraz oczyszczenia z zarzutów.