Po zakończeniu wojny Breitwieser dwukrotnie stanął przed sądem, by odpowiedzieć za swoje zbrodnie. Najpierw w pierwszym procesie oświęcimskim polski Najwyższy Trybunał Narodowy na sesji wyjazdowej w Krakowie skazał go 22 grudnia 1947 na karę śmierci przez powieszenie. Trybunał uzasadnił to charakterem oskarżonego, stwierdzając, iż odwdzięczył się on państwu polskiemu, na terenie którego się urodził, wychował i wykształcił, tym iż w obozie oświęcimskim bił więźniów narodowości polskiej i składał na nich donosy. Karę śmierci zamienił jednak w drodze prawa łaski na dożywocie Bolesław Bierut. Breitwieser opuścił polskie więzienie 18 grudnia 1958.
Następnie zasiadł na ławie oskarżonych w drugim procesie oświęcimskim przed zachodnioniemieckim sądem we Frankfurcie nad Menem. Tym razem został oskarżony o wrzucanie Cyklonu B do komory gazowej w obozie Auschwitz I. Jednak po przeprowadzeniu wizji lokalnej na obszarze byłego obozu okazało się, że świadek który złożył obciążające Breitwiesera zeznania, nie mógł obserwować całego zdarzenia.