Pierwszy Dziedziniec Zwany również Alay Meydanı – dziedziniec janczarów. Był on dostępny dla wszystkich, był jednocześnie jedynym miejscem w pałacu, gdzie wysocy dostojnicy mogli wjechać konno. Dziedziniec ma nieregularny kształt, między Bramą Imperialną a Bramą Pozdrowień ciągnie się 300-metrowa aleja. Po lewej stronie dziedzińca znajdowały się magazyny zaopatrujące pałac, pomieszczenia dla kupców, stajnie i łaźnie. Budynki te nie zachowały się do dzisiaj. Na pierwszym dziedzińcu znajduje się również Hagia Eirene, która została włączona do kompleksu pałacowego jako arsenał, oraz mennica.
Drugi Dziedziniec Za Orta Kapı (Bramą Środkową) znajduje się drugi dziedziniec. Bramę wzniósł w 1524 roku Sulejman I Wspaniały, który przy budowie zatrudnił architektów z podbitych Węgier. Zaraz za wejściem widać makiety pałacu, ułatwiające orientację w układzie kompleksu pałacowego. Nieco dalej zorganizowano wystawę sułtańskich powozów, sprowadzonych dla władcy i jego rodziny. W pałacowych kuchniach zachowała się część kolekcji chińskiej porcelany.