Pochodzenie Języki czadyjskie są rodziną językową, pochodzą więc od wspólnego prajęzyka – języka protoczadyjskiego. Za ich praojczyznę uznaje się zwykle tereny wokół jeziora Czad. Istnieje jednak kilka rozbieżnych teorii dotyczących chronologii wyodrębniania się języka prodoczadyjskiego i poszczególnych języków rodziny z języka protoafroazjatyckiego – wspólnego przodka języków afroazjatyckich, do których należą czadyjskie. Joseph Greenberg postuluje na przykład, że języki te wykształciły się najpóźniej w VIII tysiącleciu p.n.e. Odmienną chronologię przedstawia natomiast Herrmann Jungraithmayr, argumentując, że badania paleoklimatyczne wskazują na pogorszenie się warunków życia człowieka na północ od jeziora Czad dopiero na przełomie VI i V tysiąclecia p.n.e. Jungrathmayr tam właśnie umiejscawia praojczyznę ludów czadyjskich i każe im wędrować stamtąd na wschód i południe.