W 1938 wybudowano pomieszczenie dla pingwinów, zaś trzy lata wcześniej została wybudowana nowa restauracja, która do dziś służy odwiedzającym. W 1937 ogród nawiedziła zaraza, która spowodowała śmierć części zwierząt. Dalszy przestój przeżywało zoo podczas II II wojny światowej. W 1942 r. jako bożonarodzeniową niespodziankę w starym budynku dyrekcji i dawnych wejściach otwarto wystawę składającą się z 20 słodkowodnych i morskich akwariów. W 1947 do zoo powróciły żyrafy. Na swoją 75 rocznicę w 1948 r. zoo otrzymało, od towarzystwa przyjaciół zoo, goryla o imieniu „Achill”.
Dalsze dodawanie i atrakcje – 1950-1959 thumb|left|250px|Bizony amerykańskie w zoo W 1951 r. zoo otworzyło na Sautergarten drugie wejście, baza lwów morskich została otoczona widownią, a żyrafy otrzymały więcej miejsca. Tego samego roku zoo nabyło pierwszego nosorożca pancernego, przywieziony przez handlarza Petera Ryhinera, oraz rok później samicę. Samca nazwano „Gadadhar”, a samicę „Joymothi”, później sławnego na całym świecie Basler Panzernashornzucht. W 1952 r. otwarto nowy dom dla słoni. Poszukiwanie partnera dla „Achilla” zakończyło się w tym roku. „Stefi”, młody samiec z amerykańskiego zoo, przybył do Europy i został kupiony przez zoo. Zoo Basel było pierwszym ogrodem zoologicznym, który posiadał parę dorosłych goryli. W 1955 r.