Dużą rolę odgrywają tutaj wspomniane wcześniej cysty, z których po przeniesieniu z wody o temperaturze 3 °C do wody o temperaturze 20 °C pasożyty wylęgają się już po 10-14 dniach. Orzęski te powodują uszkodzenie i odklejanie się komórek naskórka oraz nabłonka skrzeli, zwiększa się wydzielanie śluzu, powstają duże ubytki, w niektórych przypadkach dochodzi do całkowitego zniszczenia nabłonka skrzeli. Na grzbiecie i głowie ryb pojawia się mętny, mleczny nalot oraz duże ubytki naskórka. Na obumarłej części naskórka często dochodzi do wtórnej inwazji pleśnią Sparolegnia. W wyniku perforacji skrzeli, sąsiadujące ze sobą blaszki skrzelowe tworzą gąbczastą masę, często dochodzi do martwicy tkanki. Zmiany te utrudniają wymianę gazową, następuje niedotlenienie, osłabienie, chudnięcie i ze śnięcie. Zarażone ryby stopniowo tracą apetyt, często też pocierają się o podłoże lub przedmioty znajdujące się w zbiorniku. Przy dużej inwazji zdarza się, iż wyskakują nad powierzchnię wody. Występuje też „zlepianie się” płetw, na powłokach zewnętrznych pojawia się białawoniebieskawy nalot. Chilodonelloza rozwija się szybko w dużych zagęszczeniach ryb, zatem w celach profilaktycznych należy pilnować prawidłowej obsady czy to akwarium czy stawu hodowlanego.