próba ta jednak nie powiodła się. Na początku września hetman wielki koronny Jan Zamoyski powierzył mu dowodzenie całością polskiej piechoty i zawiadywanie szańcamiZastąpił na tym stanowisku rannego Mikołaja Uhrowieckiego. Później otrzymał rozkaz wzmocnienia obozu Stefana Bielawskiego założonego w Świętogórze pomiędzy Pskowem a Gdowem; w tym celu Zamoyski polecił mu 13 grudnia poprowadzić jazdę zebraną z poszczególnych rot. Stamtąd, wraz z pułkiem wojewody bracławskiego Janusza Zbaraskiego odszedł ze swoim wojskiem na Inflanty.
Podczas pobytu króla Batorego w Rydze (12 marca – 2 maja 1582) powierzył on Pękosławskiemu dowództwo załogi zamku Marienburg i nadał dobra należne zamkowi. Mianował go też komisarzem generalnym Inflantpełnił tę funkcję obok gubernatora, którym mianowany został biskup wileński (później biskup krakowski) Jerzy Radziwiłł. Wraz z kilku innymi oddanymi mu do pomocy komisarzami Pękosławski otrzymał zadanie odzyskania dóbr królewskich należnych królowi jako spadkobiercy arcybiskupstwa i zakonu. W tym celu miał zbadać legalność tytułów własności szlachty inflanckiej.