18 sierpnia 1906 Organizacja Bojowa PPS przeprowadziła na niego na ulicy Natolińskiej 9 nieudany zamach bombowy. Wanda Krahelska zrzuciła na powóz gubernatora dwie bomby, jednak Skałon przeżył wybuch i został jedynie lekko ranny w głowę. Stan wojenny, wprowadzony zgodnie z rozkazem Skałona, zaczął być likwidowany dopiero w roku 1908, przy czym na niektórych terenach, m.in. w guberni piotrkowskiej, został utrzymany aż do połowy roku 1909. Po zamachu Skałon w obawie przed kolejnymi tego typu akcjami zdecydował się zaprzestać polityki stosowania kary śmierci bez wyroków sądu.
Po zakończeniu rewolucji polityka Skałona stała się bardziej umiarkowana. Był zdecydowanym przeciwnikiem utworzenia guberni chełmskiej i wydzieleniu jej z Królestwa Polskiego oraz podporządkowaniu jej generał-gubernatorstwu kijowskiemu. Popierał pomysły utworzenia na podległym sobie obszarze samorządu miejskiego, a także nie sprzeciwiał się organizacji uroczystości kulturalnych (np. obchodów setnej rocznicy urodzin Juliusza Słowackiego).