Kariera szkoleniowa Przez dwa lata pracował w sztabie szkoleniowym Krylii Sowietow Samara. W 2002 został zatrudniony przez Rosyjską Federację Piłkarską.

Był asystentem trzech kolejnych selekcjonerów reprezentacji Rosji – Walerija Gazzajewa (2002–2003), Gieorgija Jarcewa (2003–2005) i Jurija Siomina (2005). Po rezygnacji tego ostatniego w październiku 2005 przejął obowiązki trenera kadry, choć od początku wiadomo było, że będzie pracował tymczasowo, bowiem szefowie związku poszukiwali bardziej doświadczonego szkoleniowca. Na początku 2006 ogłoszono, że po Mundialu 2006 selekcjonerem zostanie Guus Hiddink.

Zgodnie z umową po zakończeniu mistrzostw Borodiuk przekazał stery reprezentacji Holendrowi. Za jego krótkiej kadencji drużyna narodowa rozegrała dwa mecze, w których zanotowała remis (0:0 z Hiszpanią) i porażkę (0:1 z Brazylią).

Jednocześnie od listopada 2005 do lutego 2007 był selekcjonerem reprezentacji młodzieżowej. W 2007 powrócił do sztabu szkoleniowego reprezentacji seniorów obejmując stanowisko asystenta Guusa Hiddinka.