11–12 września 2006 11 września papież udał się do sanktuarium w Altötting, gdzie przewodniczył mszy świętej na placu przed świątynią oraz uczestniczył w nieszporach maryjnych ze wspólnotą zakonną i seminarzystami. Wieczorem Benedykt XVI odwiedził swoje rodzinne miasto Marktl. 12 września w pobliżu Ratyzbony odprawiona została kolejna msza święta. Po południu na uniwersytecie w Ratyzbonie odbyło się spotkanie ze światem nauki, podczas którego papież wygłosił wykład na temat relacji między wiarą a rozumem. Wystąpienie to, zawierające cytat cesarza Manuela II Paleologa, wywołało liczne reakcje i protesty w świecie muzułmańskim, do których papież odniósł się później podczas spotkania z wiernymi w Castel Gandolfo. Dzień zakończył się udziałem w nieszporach ekumenicznych.
13–14 września 2006 13 września był dniem prywatnym, który papież spędził na spotkaniu z bratem, ks. Georgiem Ratzingerem, oraz na nawiedzeniu grobu rodziców. Ostatniego dnia wizyty, 14 września, Benedykt XVI spotkał się z kapłanami w katedrze we Fryzyndze. Pielgrzymka zakończyła się oficjalną ceremonią pożegnania w Monachium, po której papież powrócił do Rzymu.
Kategoria:2006 w Niemczech 2006