Wkrótce jednak doszło do konfliktu między Davisem i Quibellem, na którego miejsce został wyznaczony Arthur Weigall. Weigall stracił jednak zainteresowanie nadzorowaniem prac finansowanych przez Davisa i zezwolił na zaangażowanie w 1906, na swoje miejsce, Edwarda Ayrtona. Wkrótce również doszło do konfliktu między Davisem i Ayrtonem, którego zastąpił Harold Jones, a następnie po jego śmierci, Harry Burton, który był ostatnim, z którym współpracował Davis.
To właśnie w tamtych latach Davis dokonał swych największych odkryć w Dolinie. Pośród wielu przedmiotów znalazły się także przedmioty bezpośrednio związane w Tutanchamonem - m.in. fajansowa waza z jego imieniem tronowym oraz rozbita skrzynka zawierająca kawałki złotej blaszki, z której po zestawieniu ułożono wizerunek Tutanchamona i jego małżonki Anchesenamon, podczas polowania. W kilka dni po dokonaniu tego odkrycia, na początku 1907 roku, na wzgórzu nieopodal grobu Setiego II natrafiono na niewykończony szyb o wymiarach 120x120 cm i głębokości ok. 2 m. Według oceny Davisa przedmioty tam znalezione nie przedstawiały znaczącej wartości.