W październiku 1939 był współzałożycielem, obok Karola Stojanowskiego, Narodowo-Ludowej Organizacji Wojskowej, członkiem jej Komendy Głównej (m.in. wraz ze swoim bratem ks. Michałem Poradowskim, kapelanem wojskowym), kierownikiem organizacji na terenie szkół średnich oraz zastępcą ogólnopolskiego komisarza tajnej organizacji akademickiej. W 1942 opowiedział się przeciwko akcji scaleniowej Narodowej Organizacji Wojskowej z Armią Krajową i wsparł utworzoną w lipcu 1942 Tymczasową Komisję Rządzącą SN. Wybrany został przez tę komisję na członka Wojennego Zarządu Głównego SN (tzw. secesjoniści). Opowiedział się za ścisłą współpracą z „Grupą Szańca” i OW ZJ. W 1943 wszedł w skład Tymczasowej Narodowej Rady Politycznej, ciała nadrzędnego wobec Narodowych Sił Zbrojnych (pion wojskowy) oraz Służby Cywilnej Narodu (pion cywilny) zjednoczonych organizacji. W okresie kolejnej fazy akcji scaleniowej NSZ z AK. 1 kwietnia 1944 powrócił do SN, a w czerwcu 1944 wszedł w skład jego Zarządu Głównego. Mieszkał wraz z rodziną w podstołecznych Chylicach, a w okresie powstania warszawskiego w Boernerowie.