Antygen (źródłosłów niejasny: anti, przeciw, genos, ród, rodzaj; przytaczane także = antibody generator, generator przeciwciał) – substancja, która wykazuje antygenowość (właściwość wiązania się ze swoistymi przeciwciałami) oraz immunogenność (właściwość wywołania przeciw sobie odpowiedzi odpornościowej), przy czym znane są antygeny, tzw. hapteny, które stają się immunogenne dopiero po związaniu się z nośnikiem.
W bardziej ogólnym sensie antygen to każdy związek chemiczny, który może być wykryty za pomocą swoistych przeciwciał w różnych metodach diagnostycznych. Pojęcie antygenu jest szerokie i zależne od kontekstu – mianem antygenu można określić całą komórkę bakteryjną lub tylko jedno z białek na jej powierzchni.
Klasyfikacja Ze względu na sposób aktywacji układu odpornościowego wyróżnia się dwa rodzaje antygenów: immunogeny – charakteryzujące się immunogennością i antygenowością hapteny – małe cząsteczki wykazujące tylko antygenowość, niezdolne do samodzielnego wywołania odpowiedzi odpornościowej, chyba że występują jako element kompleksu z cząsteczkami o większych rozmiarach.