Rozróżnienia te są istotne, bowiem wartościowość antygenu ma znaczenie zarówno dla aktywacji limfocytów B, które wytwarzają przeciwciała, jak i dla możliwości tworzenia kompleksów immunologicznych (immunoprecypitacja).
Można także dokonać podziału antygenów na podstawie „pokrewieństwa” z antygenami danego organizmu. Wyróżnia się wtedy autoantygeny, izoantygeny, alloantygeny oraz heteroantygeny. Takie rozróżnienie jest istotne zwłaszcza w transplantologii. Podział ten można także bardziej uogólnić, mówiąc jedynie o autoantygenach i antygenach nominalnych.
Inne pojęcia klasyfikujące lub wyróżniające określone rodzaje antygenów: antygeny natywne – nie ulegają przetworzeniu w komórkach prezentujących antygen alergeny – antygeny wywołujące reakcje alergiczne superantygeny – antygeny wywołujące nieswoistą, masową aktywację limfocytów T prowadząco do wydzielania znacznych ilości cytokin antygeny nowotworowe (neoantygeny) – antygeny charakterystyczne lub częściej występujące w przypadku komórek nowotworowych tolerogeny – nie wywołują klasycznej odpowiedzi odpornościowej, ich podanie prowadzi do rozwoju tolerancji immunologicznej.