Kolejny finał osiągnął w Pekinie spotykając się ponownie z Nadalem (porażka 7:5, 1:6, 2:6). Na zakończenie sezonu wystąpił w Tennis Masters Cup odpadając w fazie grupowej.
W 2006 Argentyńczyk osiągnął III rundę w Australian Open (porażka z Sébastienem Grosjeanem). W połowie kwietnia dotarł do ćwierćfinału turnieju w Monte Carlo, jednak po raz kolejny w karierze nie sprostał Nadalowi, przegrywając 2:6, 1:6. Tego roku zabrakło go na wielkoszlemowych imprezach French Open i Wimbledonu. Pierwszy w sezonie półfinał z udziałem Argentyńczyka miał miejsce w Amersfoort, jednak mecz o finał przegrał z Novakiem Đokoviciem. Z powodu kontuzji odpadł w I rundzie US Open z Ryanem Sweetingiem.
Dnia 22 października 2007 roku Guillermo Coria powrócił do gry po ponad rocznej przerwie spowodowanej kontuzjami. Startował w imprezie ATP Challenger Tour w Belo Horizonte, gdzie w I rundzie skreczował po przegranym 1 secie z Juanem Pablem Brzezickim.