Przewlekły ból pleców zmusił Nieuwendyka do zakończenia kariery w 2006 roku. Został konsultantem dyrektora generalnego w Florida Panthers, a następnie zastępcą dyrektora generalnego Toronto Maple Leafs. W latach 2009–2013 sam obejmował stanowisko dyrektora generalnego Dallas Stars. W latach 2014–2018 pełnił funkcję skauta i doradcy w Carolina Hurricanes.
Młodość Joseph Nieuwendyk urodził się 10 września 1966 w Oshawa w prowincji Ontario, a wychował w sąsiadującym Whitby. Jest najmłodszym z czworga dzieci holenderskich imigrantów, którzy przenieśli się do Kanady w 1958. Gordon (zm. 2015), ojciec Josepha, był właścicielem warsztatu samochodowego w Whitby. Matka Josepha, Joanne, była zapaloną kibicką hokeja. Zmarła na raka żołądka w 1996, trzy miesiące po zdiagnozowaniu nowotworu. „Była wojowniczką [...] Zawsze jest ze mną”, wspominał Joe. Nieuwendyk dorastał w sportowej rodzinie – jego brat Gil był zawodnikiem lacrosse rozgrywanego w hali (box lacrosse), a jego wujek Ed Kea i kuzyn Jeff Beukeboom również grali w National Hockey League. Siostra Wendy (zm. 2015 na raka trzustki) grała w piłkę nożną i uprawiała gimnastykę.