Po powrocie z Rzymu, siostra Maria Franciszka Kozłowska utworzyła Związek Mariawitów Nieustającej Adoracji Ubłagania, który skupiał wszystkich mariawitów w zgromadzeniach: kapłanów, sióstr, tercjarzy i bractwa. Głównym zadaniem związku miało być przywrócenie na całym świecie najwyższej chwały Bogu, odrodzenie duchowe i powrót do gorliwości pierwszych chrześcijan. Kapłani i siostry przyjmując zakonne, franciszkańskie reguły i formy chcieli działać w łonie Kościoła rzymskokatolickiego jako grupa misyjna, bez zamiaru tworzenia samodzielnej konfesji.
Powstanie niezależnej wspólnoty Na posiedzeniu 31 sierpnia 1904 Kongregacja Świętego Oficjum wydała dekret ogłoszony 4 września 1904, na mocy którego nakazała rozwiązanie Zgromadzenia Kapłanów Mariawitów, a utrzymywanie kontaktów z Feliksą Marią Franciszką Kozłowską zostało surowo zakazane. Wykonawcą dekretu Watykan ustanowił nieprzychylnego mariawityzmowi bp. Jerzego Szembeka. Dekret ten rozpoczął próby likwidacji mariawityzmu. Zdarzały się przypadki zwalniania mariawitów z pracy, urządzano pikiety uniemożliwiające odprawianie nabożeństw, blokowano pochówki wiernych czy nawet wynoszono ciała zmarłych poza cmentarz. 27 stycznia 1906 przez arcybiskupa warszawskiego został suspendowany prowincjał płocki Zgromadzenia Kapłanów Mariawitów ks. Jan Kowalski.