Na jego wyposażeniu znalazły się przede wszystkim zdobyczne i rekwirowane radzieckie kutry i łodzie rybackie i nieliczne małe statki, a także niemieckie patrolowce typu MFK. Jako hulk koszarowy wykorzystywany był żaglowiec „Towariszcz”. Działał początkowo na Morzu Azowskim, przy wybrzeżu Ukrainy, stacjonując w mieście ukraińskim Geniczesku. Do jego zadań należało trałowanie min morskich i patrolowanie strefy przybrzeżnej oraz zadania transportowe. Dowództwo jednostki utrzymywało dobre stosunki z miejscową ludnością, dlatego postanowiło przeprowadzić wśród niej rekrutację do Legionu. W ten sposób jego liczebność wzrosła do ponad 1 tys. ludzi (60% jego stanu stanowili teraz Ukraińcy). W grudniu 1941 roku Sowieci przeprowadzili atak na Geniczesk, odparty m.in. przez marynarzy Legionu, liczącego wówczas 176 ludzi. Na początku kwietnia 1942 r., po roztopieniu się lodu w porcie, Chorwaci wznowili swoje rejsy. 19 kwietnia Legion poniósł największą stratę, gdy na skutek wybuchu miny morskiej na pokładzie zginęło 22 ludzi. W maju tego roku Legion został wycofany na odpoczynek do Chorwacji, po czym w sierpniu powrócił na front, tym razem do Mariupola. Legion miał wówczas na wyposażeniu ok. 130 różnego rodzaju pływających jednostek, m.in.