Został wybrany do drużyny drugoroczniaków na Rookie Challenge 2006 podczas weekendu gwiazd NBA, a w dniu 15 kwietnia 2006, ustanowił nowy rekord kariery w liczbie zbiórek w jednym meczu, zdobywając przeciwko Philadelphii 76ers 26 zbiórek; dodając też 28 punktów był blisko jednej z niewielu zdobyczy w historii NBA 30-30. Sezon zakończył ze średnio zdobywanymi, 15,8 punktu i 12,5 zbiórki na mecz, zajmując drugie miejsce w NBA w zbiórkach na mecz, ofensywnych zbiórkach i double double oraz szóste w procencie trafionych rzutów z gry. Pomimo progresu statystycznego Howarda w porównaniu z poprzednim sezonem, Magic osiągnęli bilans 36-46 i drugi rok z rzędu nie dostali się do playoffs.
Howard, jako tzw. franchise playerTzw. franchise player to zawodnik, wokół którego klub decyduje się budować swój zespół. Orlando zrobił kolejny krok do przodu w sezonie 2006-2007, w trzecim sezonie z rzędu występując we wszystkich 82 meczach sezonu zasadniczego. 1 lutego 2007, po raz pierwszy w karierze został wybrany do meczu gwiazd, gdzie pełnił rolę rezerwowego w drużynie konferencji wschodniej. Howard zakończył ten mecz ze zdobytymi 20 punktami i 12 zbiórkami. Niecały tydzień później, w meczu przeciwko Toronto Raptors, Howard ustanowił nowy rekord kariery w liczbie zdobytych punktów w jednym meczu, notując ich 32.