W 2000 r. odmówiła przyjęcia tytułu honorowego obywatela Gdańska. Będąc w trudnej sytuacji materialnej, w 2003 wystąpiła o 120 tys. złotych odszkodowania za prześladowania w latach 80. XX w., choć wcześniej wykluczała taki krok. W lutym 2005 Sąd w Gdańsku odmówił przyznania świadczeń ze względu na przedawnienie roszczeń. Po tym Anna Walentynowicz nie zgodziła się przyjąć emerytury specjalnej od prezesa Rady Ministrów Marka Belki. Ostatecznie w kolejnej instancji 22 lutego sąd przyznał jej 70 tys. złotych odszkodowania.
W lipcu 2006 gdański Instytut Pamięci Narodowej ujawnił, że Annę Walentynowicz inwigilowało ponad 100 funkcjonariuszy i tajnych współpracowników Służby Bezpieczeństwa, w 1981 r. planując jej zabicie przez zniszczenie organizmu mieszanką leków.
Krzysztof Wyszkowski, ze względu na etos Anny Walentynowicz i jej związanie z ideą Solidarności, nadał jej przydomek Anna SolidarnośćAnna Solidarność..