W 1928 kantorem w prudnickiej synagodze był Lowenstein.
Podczas nocy kryształowej z 9 na 10 listopada 1938 roku, bojówki hitlerowskie spaliły synagogę, a jej wypalone mury zostały rozebrane. Po zakończeniu II wojny światowej nie została odbudowana. Na jej miejscu wybudowano pasaż handlowy z kwiaciarnią. W 2001 Gmina Wyznaniowa Żydowska we Wrocławiu, w której zasięgu terytorialnym znajduje się Prudnik, wnioskowała o zwrócenie jej skweru, na którym stała synagoga, a także cmentarza żydowskiego. Gmina Prudnik przekazała te tereny gminie żydowskiej w 2009. mały|lewo|Makieta synagogi W 2022, w ramach projektu Muzeum Ziemi Prudnickiej i miasta Zlaté Hory, prudnicka synagoga została odtworzona w postaci makiety przez Piotra Makałę. Odsłonięcia makiety dokonał przewodniczący Chewry Kadiszy przy Gminie Wyznaniowej Żydowskiej w Katowicach Sławomir Pastuszka 6 listopada 2022.