Era Aleksa Fergusona (1986–2013) W dzień zwolnienia Atkinsona do klubu przybył Alex Ferguson (Aberdeen) i jego asystent Archie Knox. Doprowadzili zespół do 11. miejsca w lidze. Mimo zajęcia drugiej lokaty w kolejnym sezonie, rok później Manchester United ponownie zakończył rozgrywki na 11. miejscu. Pojawiły się plotki o planowanym zwolnieniu Fergusona, ale zwycięstwo nad Crystal Palace w finale Pucharu Anglii 1990 uratowało jego posadę. W kolejnym sezonie Manchester United zdobył Puchar Zdobywców Pucharów (po finałowym zwycięstwie nad Barceloną 2:1) i wygrał Superpuchar Europy, pokonując 1:0 Crveną Zvezdę Belgrad.
Finał Pucharu Zdobywców Pucharów
thumb|upright|left|Alex Ferguson – trener Manchesteru United w latach 1986–2013 W letnim okienku transferowym klub pozyskał za sumę 1,8 mln euro Érica Cantonę. W 1992 zespół po raz drugi z rzędu zagrał w finale Pucharu Ligi Angielskiej – tym razem zwyciężył 1:0 Nottingham Forest w meczu rozegranym na Wembley. W sezonie 1992/1993 drużyna po raz pierwszy od 1967 roku została mistrzem Anglii, a w rozgrywkach 1993/1994 po raz pierwszy od 1957 roku uczyniła to dwa razy z rzędu;