Upamiętnienie Imię Tadeusza Ziółkowskiego noszą Szkoła Podstawowa nr 67 w Gdańsku, Szkoła Podstawowa nr 39 w Bydgoszczy oraz Zespół Szkół w Wierzchucinie Królewskim. Tadeusz Ziółkowski jest jednym z patronów Szkoły Podstawowej nr 19 im. Zasłużonych Ludzi Morza w Gdańsku (dawniej: Zespołu Kształcenia Podstawowego i Gimnazjalnego nr 6 im. Zasłużonych Ludzi Morza w Gdańsku). Jedno z nabrzeży w porcie gdańskim nosi nazwę „Nabrzeże Ziółkowskiego”. W 1963 statek Polskich Linii Oceanicznych otrzymał nazwę „Kapitan Ziółkowski”. W roku 1969 na domu przy ulicy Grunwaldzkiej 103 w Bydgoszczy zawieszono tablicę upamiętniającą miejsce zamieszkania Ziółkowskiego w latach 1890–1904. Na Targu Rybnym w Gdańsku znajduje się pomnik komandora Ziółkowskiego, wykonany przez artystę rzeźbiarza Stanisława Szwechowicza w 1989. W 2006 r. w 120. rocznicę urodzin kapitana ustawiono pamiątkowy obelisk na Nabrzeżu Ziółkowskiego w Gdańsku-Nowym Porcie. W budynku Kapitanatu Portu Gdańsk znajduje się tablica pamiątkowa zawieszona „w hołdzie Wielkiemu Polakowi” w roku 1998. W roku 2010 w rodzinnym Wiskitnie odsłonięto obelisk z tablicą upamiętniającą miejsce narodzin kapitana. Od roku 2011 kpt. ż.w.