We wrześniu 1591 roku Jan poważnie zachorował i udał się do Úbedy na leczenie. Niedługo potem jego stan znacznie się pogorszył i okazało się że choruje na różę. Wezwany lekarz, Ambrosia de Villareal chirurgicznie usunął zainfekowane tkanki i wrzody. Przeor klasztoru, Franciszek Chryzostom nie lubił Jana, więc uprzykrzał mu okres leczenia, z czasem odmawiając mu dostarczania leków i zmniejszając racje żywnościowe. Gdy wieść ta dotarła do prowincjała Antoniego od Jezusa, ten natychmiast przybył do Ubedy, surowo upomniał przeora i cofnął jego zakazy. W piątek 13 grudnia 1591 roku przyjął sakrament namaszczenia chorych, a następnego dnia zmarł.
Twórczość Jest uważany za jednego z najwybitniejszych hiszpańskich poetów. Choć cały jego dorobek literacki to nie więcej jak 2500 wersów, dwa z jego dzieł „Pieśń duchowa” i „Noc ciemna” są uważane powszechnie za arcydzieła poezji hiszpańskiej, zarówno ze względów formalnych, jak i bogatej symboliki i treści. Jego prace teologiczne zawierają komentarze do tych poematów. Wszystkie były napisane pomiędzy 1578 a 1591, z czego wynika ich spójność.