Kirgistan uzyskał niepodległość wraz z rozpadem Związku Radzieckiego 31 sierpnia 1991 roku. Pierwszym prezydentem został bezpartyjny działacz, prezes Kirgiskiej Akademii Nauk, profesor fizyki Askar Akajew. Był on inicjatorem powołania Wspólnoty Niepodległych Państw i prowadził prokremlowską politykę. Akajew wprowadził autorytarne rządy prezydenckie. Zmarginalizowanie roli opozycji pozwoliło mu utrzymać się na stanowisku w wyborach w 1995 i 2000 roku. W roku 2002 w Kirgistanie miały miejsce pierwsze antyprezydenckie manifestacje. Na podstawie Rezolucji Rady Bezpieczeństwa ONZ nr 736 z 29 stycznia 1992 Kirgistan został członkiem ONZ.
Domniemane sfałszowanie wyborów parlamentarnych w 2005 oraz narastające tendencje dyktatorskie prezydenta doprowadziły do wybuchu tulipanowej rewolucji, która obaliła Askara Akajewa oraz rząd premiera Nikołaja Tanajewa. W wyniku rewolucji sformowano Koordynacyjną Radę Jedności Narodowej, która przejęła władzę w kraju, a pełniącym obowiązki prezydenta został były premier Kurmanbek Bakijew z partii Ludowy Ruch Kirgistanu. Bakijew wygrał wybory prezydenckie w 2005 i zaczął umacniać się u władzy. W 2007 roku utworzono blok polityczny Ak Dżoł jako zaplecze polityczne prezydenta.