XIII wiek to okres rozwoju miasta. W owym czasie Cork był głównym portem południowo-zachodniej Irlandii. Eksportowano wełnę, zboże i inne produkty rolne, a przywożono do miasta sukno, wino i przyprawy. Kwitło rzemiosło i handel. Okres prosperity przerwała latem 1349 roku epidemia dżumy, w czasie której zmarło 25–35% z dwóch tysięcy mieszkańców miasta. Dodatkowo w roku 1354 duża część miasta została zniszczona w pożarze. Kolejne stulecia nie przyniosły poprawy. Pod koniec XVI wieku Cork liczył zaledwie 800 mieszkańców.
Wiek XVII, mimo zawirowań politycznych i wojen religijnych, był czasem rozwoju miasta. Liczba ludności w roku 1640 osiągnęła 9000. Dzięki rozbudowie sieci dróg, organizowanym targom i jarmarkom Cork znów stawał się ważnym portem handlowym. Największymi partnerami handlowymi były miasta Bristol i Bordeaux, coraz większą rolę odgrywały Indie Zachodnie. Głównym towarem eksportowym było masło i wołowina, z powrotem przywożono wino i sól. Na przełomie XVII i XVIII wieku do miasta przybyła znaczna liczba Hugenotów uciekających przed prześladowaniami. Pozostały po nich nazwy ulic – np. French Church Street czy Huguenot Quarter. W XVIII wieku miasto rozwijało się ekonomicznie i terytorialnie. Osuszono bagna i zasypano kanały rzeczne, tworząc dzisiejsze ulice St.