(sklepienia, wewnętrzne filary nośne, nowy ambit wokół wirydaża). W latach 1582–1591 została dobudowana przez biskupa Stanislava II. Pavlovskiego - jako rodzinny grobowiec - kaplica św. Stanisława, a w latach 1589-1595 ten sam biskup zrealizował budowę (dziś już nieistniejącej) środkowej wieży między dwoma, wtedy jeszcze stojącymi, wieżami romańskimi. W latach 1616–1618 z inicjatywy ówczesnego biskupa ołomunieckiego, Franciszka z Dietrichsteinu, wybudowano nowe manierystyczne prezbiterium o wymiarach 35 x 23 m i wysokości sklepienia 23 m, a także rozpoczęto budowę krypty pod schodami (dokończoną w 1661 r.). W 1803 r. po uderzeniu pioruna pożar zniszczył wszystkie trzy wieże. Fasadę przebudowano później w stylu klasycystycznym i uzyskała ona wygląd jednolitego bloku.