Okres drugi obejmował trzy kolejne klasy V, IV i III, w których przerabiano program szkoły średniej. Ten trzyletni okres kadeci poświęcali na wiedzę z zakresu historii powszechnej oraz historii Polski, a także uczyli się geografii, historii naturalnej, matematyki, logiki, fizyki, architektury wojskowej, rysunku, mechaniki. Kontynuowana była również nauka języków. Obok przedmiotów ścisłych i technicznych wiele uwagi poświęcano nauce czytania oraz poznawaniu rodzimej literatury. Równolegle z językiem polskim uczono łaciny, drugiego języka urzędowego w Rzeczypospolitej Obojga Narodów.
W ciągu ostatnich dwóch lat uczniowie klas II i I przygotowywali się do zawodu wojskowego lub do służby cywilnej. Kandydaci na wojskowych obok szeregu wymienionych wcześniej przedmiotów kształceni byli w kierunku inżynierii wojskowej, uczyli się również architektury, budowy umocnień, taktyki, sztuki artyleryjskiej, a także przechodzili specjalistyczne ćwiczenia wojskowe. Kandydatów do służby cywilnej natomiast kształcono w kierunku prawniczym. Poznawali oni prawo i konstytucję Korony Królestwa Polskiego oraz Wielkiego Księstwa Litewskiego. Studiowali także kameralistykę, czyli naukę o administracji i zarządzaniu.