Władzą ustawodawczą jest dwuizbowy parlament składający się ze Zgromadzenia Narodowego i Senatu. Od 2004 Zgromadzenie Narodowe ma 170 członków. Zgodnie z prawem Burundi w parlamencie ma być 60% Hutu, 40% Tutsi oraz 3 przedstawicieli Batwa. Dodatkowo 30% mają stanowić kobiety. Parlament jest wybierany na pięcioletnią kadencjęPuddington, A., Freedom of the World, s. 145..
Senat ma 51 członków, z czego 3 miejsca są zarezerwowane dla byłych prezydentów. Pozostałych członków wybierają kolegia elektorskie w każdej z prowincjiBackground Note: Burundi. Departament Stanu USA. Luty 2008. [dostęp 2008-06-28]. Każde kolegium wybiera po jednym parlamentarzyście z Hutu i Tutsi. Senat ma podobnie jak Zgromadzenie kadencję 5-letniąPuddington, A., Freedom of the World, s. 145–146. podobnie jak w przypadku niższej izby 30% parlamentarzystów muszą stanowić kobiety.
Prezydent desygnuje członków Rady Ministrów, która również jest częścią władzy wykonawczej Prezydent może wybrać 14 członków Senatu do pomocy Radzie Ministrów. Ministrowie muszą być zaaprobowani przez większość 2/3. Prezydent wybiera również dwóch wiceprezydentów.
Najwyższym organem sądowniczym jest Sąd Najwyższy. Istnieją trzy instancje apelacyjne poniżej Sądu Najwyższego.