Jest to spowodowane zmianą sposobu reprezentacji obiektów. W wersjach wcześniejszych obiekt był jednocześnie zmienną, co sprawiało duże trudności, dlatego też w wersji 5 na wzór Javy zmienna obiektowa stała się jedynie referencją do właściwego obiektu. Obecnie operacja przypisania powoduje powstanie drugiej referencji wskazującej na ten sam obiekt. Przebudowano także wiele modułów, w tym do obsługi XML-a i komunikacji z bazą danych, czyniąc je bardziej przyjaznymi dla programistów. Oprócz tego udostępniono zbiór interfejsów znacznie rozszerzających możliwości klas użytkownikaSPL-StandardPHPLibrary.. Nastąpiły także zmiany oraz nowości w systemie modułów PHP. Funkcje obsługi języka XML zostały przepisane i wbudowane bezpośrednio w jądro aplikacji. Oprócz narzędzi obsługujących model DOM udostępniono SimpleXML – prosty interfejs do modyfikacji dokumentów XML. Wprowadzono SQLite, nowy, domyślnie „wkompilowany” silnik baz danych. 24 listopada 2005 roku ukazała się wersja 5.1, w której pojawił się PDO – ujednolicony sterownik oraz preprocesor zapytań umożliwiający komunikację z różnymi systemami baz danych.