W 1812 roku uczestniczył w wyprawie na Moskwę. Jako dowódca kompanii brał udział w bitwach pod Smoleńskiem, Borodino, Czyrikowem, Małojarosławcem, Wiaźmą, Krasnym i nad Berezyną. Za waleczność pod Borodino, gdzie odpierał na czele grupy grenadierów natarcia znacznie liczniejszej kawalerii wroga, udekorowany został Krzyżem Kawalerskim Orderu Virtuti Militari.
W styczniu 1813, po powrocie do Polski, otrzymał nominację na szefa batalionu w 14 pp. W lutym odznaczony wstążką Krzyża Złotego Polskiego za „piękne czyny przynoszące chlubę pułkowi 16. w kampanii moskiewskiej”.
Wziął udział w kampanii saskiej. Po bitwie pod Dreznem awansował na majora. Odniósł rany w starciu pod Lipskiem, po czym walczył jeszcze pod Hanau.
W lipcu 1813 otrzymał Krzyż Kawalerski, zaś w marcu 1814 Krzyż Oficerski Legii Honorowej. W 1814 brał udział w walkach na terytorium Francji, w bitwie pod Arcis-sur-Aube zagrożony atakiem jazdy nieprzyjaciela Napoleon schronił się wewnątrz tworzonego przez Pułk Nadwiślański czworoboku, którym dowodzili Skrzynecki i Paweł Muchowski. Opinia publiczna, wyolbrzymiając nieco zasługi Skrzyneckiego, jemu właśnie przypisywała ocalenie Cesarza Francuzów od śmierci bądź niewoli.