Całością prac tych 6 chorągwi kierował Wydział Zachodni („Z”) Głównej Kwatery.

Wydział Wschodni („W”) kierował pracą 5 chorągwi na terenach wschodnich: Białostocka – ul „Biały” Wileńska – ul „Brama” Poleska – ul „Błota” Nowogródzka – ul „Las” Wołyńska – ul „Gleba”

oraz 1 chorągwią skupiającą przebywających na terenie Generalnego Gubernatorstwa harcerzy z ziem wschodnich (ul „Złoty”).

Na terenie Generalnego Gubernatorstwa pracowało 8 chorągwi: 4 z nich stanowiły Polskę Centralną („C”): Warszawska – ul „Wisła” Mazowiecka – ul „Puszcza” Radomska – ul „Rady” Lubelska – ul „Zboże”

Cztery chorągwie stanowiły Polskę południową („P”): Kielecka – ul „Skała” Częstochowska (Kłomnicka) – ul „Warta” Krakowska – ul „Smok” Lwowska – ul „Lew”.

Łączność z chorągwiami oraz nadzór nad ich pracą sprawowali wizytatorzy podlegli bezpośrednio lub przez wydziały zachodni i wschodni Szefowi Głównej Kwatery. Szefowie GK: Eugeniusz Stasiecki Edward Zürn Kazimierz Grenda

Historia kryptonimu thumb|upright|Pomnik Małego Powstańca w Warszawie thumb|Tablica upamiętniająca powołanie Szarych Szeregów przy ul. Noakowskiego 12 w Warszawie thumb|Tablica pamiątkowa przy ul. Wilczej 44 w Warszawie thumb|Tablica MSI przy ulicy Szarych Szeregów w Warszawie