Działalność Kontekst polityczny SOE nie było całkowicie samodzielne, jako agenda brytyjskiego rządu musiało respektować jego polityczne decyzje. Od początku istnienia było skonfliktowane z brytyjskim Foreign Office, które zwłaszcza po przyłączeniu się ZSRR do koalicji aliantów zabiegało o jego przychylność. Niewiele pomogła ugoda z maja 1942, zobowiązująca SOE do uzyskiwania zgody FO na operacje mogące mieć charakter polityczny. Brytyjscy dygnitarze usadowieni w FO sympatyzowali ze Stalinem, stale zabiegali o to, aby nie przeszkadzać w realizacji jego planów. Interesy Polski nie miały prawie żadnego znaczenia, a Brytyjczycy dopiero wiele lat po wojnie przekonali się, jak bardzo byli naiwni.
Polska sekcja W SOE uruchomiono jako jedną z pierwszych, zaraz po francuskiej, sekcję polską. Kierował nią początkowo Bicham Sweet Escott, a następnie przedwojenny rezydent brytyjskiego wywiadu w Polsce kpt. Harold Perkins. Głównym jej zadaniem było utrzymywanie łączności między Polakami a zainteresowanymi władzami brytyjskimi. Polska sekcja SOE współdziałała z Oddziałem VI (Specjalnym) sztabu Naczelnego Wodza. Jako jedyna z sekcji narodowych miała dużą autonomię. Tylko Polacy samodzielnie wyszukiwali emisariuszy, kurierów i skoczków – cichociemnych, którzy po skoku podlegali kierownictwu AK (w innych sekcjach agenci podlegali SOE).