W 1998 roku wybuchła wojna z Etiopią. Przyczyną wojny były spory o przebieg wspólnej granicy (odziedziczonej po epoce kolonialnej). W wyniku działań wojennych zginęło ok. 120 tys. osób po obu stronach konfliktu. W grudniu 2000 roku podpisano porozumienie pokojowe – plan pokojowy przygotowała Organizacja Jedności Afrykańskiej. Planowane na 2001 roku wybory parlamentarne bezterminowo odroczono.
Pod koniec roku 2005 Erytrea zmusiła ONZ do ewakuowania ze swojego terytorium żołnierzy z Europy i Ameryki (zgodziła się na pozostanie żołnierzy z krajów Azji i Afryki).
W 2008 roku miał miejsce konflikt graniczny między Dżibuti i Erytreą, który pozostał nierozstrzygnięty. Podczas wojny w Somalii Erytrea wsparła kilkutysięcznym oddziałem Unię Trybunałów Islamskich. W 2010 roku miała miejsce bitwa pod Tsorona-Zalambessa z Etiopią.
W 2009 roku ONZ nałożył na Erytreę sankcje gospodarcze, zarzucając państwu wspieranie somalijskiej rebelii.