Zgodnie z jego wytycznymi zostały zmienione metody walki z podziemiem antykomunistycznym.
13 maja 1950 aresztowany pod zarzutem antypaństwowego „spisku w wojsku” (m.in. wraz ze gen. Stanisławem Tatarem i Jerzym Kirchmayerem). Oskarżano go o to, że w czasie II wojny światowej działał na szkodę państwa i narodu polskiego, sporządzając memoriały, w których „nakreślił projekt faszystowskiej Polski pod protektoratem hitlerowskich Niemiec”, a po 1945 prowadził – wraz z gen. Tatarem, gen. Kirchmayerem, gen. Hermanem, płk. Utnikiem, płk. Jureckim, płk. Nowickim oraz kmdr ppor. Wackiem – działalność szpiegowską skierowaną przeciwko państwu ludowemu. 13 sierpnia 1951 w tzw. „procesie generałów” Najwyższy Sąd Wojskowy, w składzie ppłk Roman Waląg, ppłk Roman Bojko i mjr Teofil Karczmarz, uznał go winnym zarzucanych czynów i skazał na dożywotnie więzienie i degradację. W 1951 wszystkie jego prace zostały wycofane z polskich bibliotek oraz objęte cenzurą. W więzieniu poddawany brutalnym torturom, jednak śledczym nie udało się go złamać i zmusić do obciążenia zarzutami innych, przede wszystkim gen. Wacława Komara i marsz. Żymierskiego. Karę Mossor odbywał w Zakładzie Karnym we Wronkach.