Od listopada 1956 pracował w redakcji „Po Prostu”, od stycznia 1957 – jako reporter. Był inicjatorem ruchu na rzecz samorządu. Napisał z Januszem Roszką i Jerzym Zieleńskim kilka książek reporterskich. Pod koniec lat 60. szeroką popularność zyskała jego Księga wróżb prawdziwych, opisująca przyszłość tworzoną przez postęp nauki i techniki. Napisał z bratem Andrzejem książkę Gra o jutro, która podważała tryb funkcjonowania gospodarki PRL, popularyzowała zachodnie doświadczenia w zarządzaniu i postulowała przywrócenie pieniądza jako miernika efektywności zamiast wykonywania planów. Od maja 1970 był redaktorem „Życia i Nowoczesności” (czwartkowego dodatku do „Życia Warszawy”), z którego w październiku 1973 z przyczyn politycznych został – wraz z trzonem zespołu – usunięty.

W latach 1971–1974 Stefan Bratkowski był również kierownikiem Pracowni Prognoz Rozwoju Ośrodka Badawczo-Rozwojowego Informatyki. Pozostawał następnie do 1980 bez stałego zatrudnienia. Był autorem scenariuszy części odcinków serialu telewizyjnego Najdłuższa wojna nowoczesnej Europy (1979–1981).