Holocaust zmienił diametralnie oblicze miasteczka, które było już wówczas od dawna typowym sztetlem. Większość żydowskich mieszkańców Włodawy zginęła w obozie zagłady w Sobiborze. Po wojnie pożydowskie budynki wykorzystywano m. in. jako magazyny, zaś macewy z cmentarza służyły często do brukowania ulic.
2 czerwca 1944 roku w lasach włodawskich została zrzucona grupa organizacyjna komunistycznego Polskiego Sztabu Partyzanckiego pod dowództwem płk. Roberta Satanowskiego, który utworzył zgrupowanie partyzanckie „Jeszcze Polska nie zginęła”. 23 lipca 1944 roku miasto zostało zajęte przez oddziały radzieckie 47 Armii 1 Frontu BiałoruskiegoKonstanty Prożogo: Chełm i okolice, Sport i Turystyka, Warszawa 1981, , s. 115.. W drugiej połowie 1944 roku miasto było siedzibą sztabu 1 Frontu Białoruskiego pod dowództwem marsz. Konstantego RokossowskiegoWiesław Białkowski: Rokossowski – na ile Polak?, Wydawnictwo Alfa 1999 r., , s. 80..