Te ostatnie widać wyraźnie w drugim cyklu powieściowym Zoli, trylogii Trzy miasta, w której poddał druzgocącej krytyce skomercjalizowany kult cudów i objawień, skostniałe i zamknięte wobec wiernych struktury hierarchii kościelnej, a wreszcie nieczułość Kościoła na problemy społeczno-polityczne. W konsekwencji jego książki zostały umieszczone na Indeksie ksiąg zakazanych. Pisarz wytykał także obojętność rządów Francji i Europy wobec ludobójstwa Ormian po masakrach dokonanych w sułtańskiej Turcji w latach 1894–1896. W artykułach poświęconych sztuce bronił malarzy impresjonistów przed krytyką zwolenników akademizmu.
W 1898 zaangażował się w obronę francuskiego oficera niesłusznie oskarżonego o zdradę – Alfreda Dreyfusa, publikując na pierwszej stronie paryskiego dziennika „L’Aurore” artykuł J’Accuse…! (Oskarżam!). Miał on formę listu otwartego do prezydenta Félixa Faure i zawierał ostrą krytykę francuskiego rządu. Pisarz zarzucał władzom antysemityzm i niezgodne z prawem skazanie i uwięzienie Dreyfusa.