Tkanki miękkie Scipionyx uważany jest za jedno z najważniejszych odkryć dinozaurów – zachowała się m.in. część tchawicy, pozostałości przełyku, odcisk wątroby, całe jelito, mięśnie szyi, miednicy i kończyn tylnych oraz krezkowe naczynia krwionośne. Według Johna Rubena i współpracowników (1999) układ oddechowy Scipionyx (a także innych teropodów) budową bardziej przypominał układ oddechowy krokodyli niż ptaków. Ich zdaniem u Scipionyx i innych teropodów najprawdopodobniej występował mechanizm wentylacji płuc określany mianem „tłoczni wątrobowej” (hepatic piston), podobny do występującego u dzisiejszych krokodyli. Według tych autorów u teropodów prawdopodobnie występował rozwinięty mięsień w jamie brzusznej, podobny do musculus diaphragmaticus krokodyli przyczepionego z jednej strony do wątroby, a z drugiej – do kości miednicy. Przy wdechu mięsień ten kurczył się, powodując przesunięcie wątroby wzdłuż kręgosłupa ku miednicy; zmiana pozycji wątroby powodowała zaś rozszerzenie płuc i zmniejszenie ciśnienia w płucach umożliwiające wdech.