Okaz odnaleziono w 1874 lub 1875 w Blumenberg obok Eichstätt, Niemcy, przez rolnika Jakoba Niemeyera. Jest to jeden z dziesięciu odkrytych okazów Archaeopteryxa i jednocześnie najbardziej kompletny. Inny cenny okaz to skamieniałe pióro, o wieku datowanym na 150 milionów lat, a odnalezione w 1860, także jest w zbiorach muzeum, podobnie jak kopie większości pozostałych znalezisk archeopteryksa.
Historia Kolekcja minerałów, zanim stała się ona okazem muzealnym, stanowiła część zbioru dydaktycznego Berlińskiej Akademii Górniczej. Po powołaniu uniwersytetu w Berlinie w 1809, przejął on część tych kolekcji w 1814 pod szyldem nowego Muzeum Mineraologii. W 1857 powołano wydział paleontologii, a w 1854 petrografii i geologii, które całkowicie przejąły pieczę nad zbiorami. W 1886 uniwersytet, nie mając już wolnych powierzchni magazynowych dla zbiorów, zaczął nieopodal budowę nowego budynku na Invalidenstrasse 43, który otwarto już jako Muzeum Historii Naturalnej w 1889.