Rok później został ordynatorem Oddziału Hematologii.

W 1988 otrzymał stanowisko profesora nadzwyczajnego, a w 1993 – stanowisko profesora zwyczajnego. Od 1988 do 2007 roku był kierownikiem Katedry i Kliniki Hematologii i Transplantacji Szpiku w Katowicach.

Od 1996 przewodniczy Polskiej Szkole Hematologii działającej pod patronatem Polskiego Towarzystwa Hematologii i Transplantologii.

20 czerwca 1998 roku Jerzy Hołowiecki został wybrany na członka korespondenta Polskiej Akademii Umiejętności.

W 2008 roku Warszawski Uniwersytet Medyczny przyznał Jerzemu Hołowieckiemu tytuł doctor honoris causa.

W 2013 schemat leczenia ostrej białaczki szpikowej kladrybiną jego autorstwa stał się światowym standardem według zaleceń NCCN (National Comprehensive Cancer Network).

Życie prywatne Żonaty z Beatą Stellą-Hołowiecką, również lekarzem hematologiem. Ma córkę Aleksandrę – lekarkę oraz syna Rafała – magistra ekonomii. Mieszka w Katowicach.