zakończono ją dopiero w 1728.
W 1832 zakon skasowano, a władze pruskie przekształciły kościół w magazyn. Następnie zburzono skrzydła klasztoru od ul. Sierocej i Nowej (dziś Paderewskiego) a kościół przekazano katolikom niemieckim. Zakonnicy odzyskali budynki w 1921. 4 października 1937 zakończyły się 10-dniowe obchody 700-lecia zakonu franciszkanów w Polsce.
W czasie II wojny światowej kościół służył katolikom – Niemcom. Podczas walk w 1945 zawaliło się sklepienie nawy głównej, niszcząc część wyposażenia. Świątynia została odbudowana jako pierwszy kościół w Poznaniu. Wnętrze odrestaurowano w latach 1963–1965 pod kierunkiem T. Szukały i H. Kota. Odnowiono wówczas zamalowaną w poprzednim okresie pierwotną polichromię.
Architektura Kościół św. Antoniego Padewskiego jest trójnawową bazyliką z transeptem. Nawa główna przykryta jest sklepieniem kolebkowym z lunetami, podczas gdy nawy boczne przykrywają sklepienia krzyżowe. We wnętrzu zwraca uwagę bogate zdobienie stiukowe oraz polichromie wykonane w latach 1702–1735 przez czeskiego franciszkanina Adama Swacha. Jego brat, Antoni Swach, wykonał ołtarz główny, ołtarz w kaplicy Matki Boskiej w Cudy Wielmożnej Pani Poznania oraz bogate dębowe stalle.