W 1993 przyznano mu tytuł baliwa Wielkiego Krzyża Honoru i Dewocji Zakonu Kawalerów Maltańskich.
Przyznano mu tytuł honorowego obywatela: Wieliczki (1995), Świątnik Górnych (1997), Mszany Dolnej (2000), gminy Mszana Dolna (2000), gminy Niedźwiedź (2000), Nowego Targu (2000), Wadowic (2001), Jordanowa (2002), gminy Zabierzów (2002), Chrzanowa (2004), Trzebini (2004), gminy Chełmek (2004), Libiąża (2004). W 2005, jako pierwszy w historii, został uhonorowany Odznaką „Honoris Gratia”, przyznawaną zarządzeniem prezydenta Krakowa, zaś w 2015 Rada Miasta Krakowa odznaczyła go srebrnym medalem Cracoviae Merenti. Ponadto w 2011 otrzymał Złoty Medal Honorowy za Zasługi dla Województwa Małopolskiego.
Nadano mu tytuł doktora honoris causa: Fu Jen Catholic University w Tajpej na Tajwanie (1989), Adamson University w Manili na Filipinach (1989), Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie (1992), Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie (2000), Uniwersytetu Jagiellońskiego (2000) i Katolickiego Uniwersytetu im. Pétera Pázmánya w Budapeszcie na Węgrzech (2002). Został członkiem honorowym Polskiej Akademii Umiejętności.