Instrukcję gen. Sosnkowskiego z 4 grudnia 1939 o powołaniu do życia ZWZ przywiózł do Warszawy, na początku stycznia 1940, emisariusz Jerzy Michalewski („Dokładny”). Nakazywała ona przekształcenie istniejących już komórek SZP w myśl zasad organizacyjnych ZWZ. Instrukcja, w połączeniu z instrukcją Komitetu Ministrów dla Spraw Kraju o powoływaniu instytucji mężów zaufania (nigdy nie zostali powołani), odrzucała koncepcję ZWZ jako organizacji wojskowo-politycznej na rzecz organizacji wojskowej. Instrukcja nie wspominała o komisarzach cywilnych przy dowództwach obszarów i okręgów, podkreślała natomiast „ogólno-narodowy, ponadpartyjny i ponadstanowy”S. Korboński Polskie Państwo Podziemne Wydawnictwo Nasza Przyszłość, Bydgoszcz str. 31. charakter organizacji. Została też sprecyzowana po raz pierwszy koncepcja „przygotowania powstania zbrojnego na tyłach armii okupacyjnych, które nastąpi z chwilą wkroczenia regularnych wojsk polskich do kraju”.
Komendantowi Głównemu w Paryżu podlegali komendanci Obszarów w kraju: płk Stefan Rowecki (obszar okupacji niemieckiej) i gen. Michał Karaszewicz-Tokarzewski (obszar okupacji sowieckiej).