Gdy Vandenreich wypowiada wojnę Soul Society, Byakuya pojawia się ponownie, uczestnicząc w pogrzebie poległego zastępcy dowódcy 1. dywizji – Chōjirō Sasakibe. Następnie, w trakcie bezpośredniego ataku, osobiście walczy z manipulującą strachem postacią o imieniu Äs Nödt. Gdy sięga po swoją ostateczną broń, umożliwia przeciwnikowi ruch, który używając specjalnego medalionu "kradnie" jego bankai i śmiertelnie go rani. Gdy Kurosaki przybywa na pomoc, wiedząc, że nie pozostało mu dużo czasu, Byakuya ze łzami w oczach przeprasza za to, że nie ochronił Soul Society i prosi o to Ichigo. Gdy Vandenreich opuszcza pole walki, zostaje poddany leczeniu i uratowany od śmierci. Wraz z Rukią, Renjim oraz Ichigo zostaje zabrany przez Dywizję 0 w celu wyleczenia metodami niedostępnymi w Soul Society.