Pracował także na placówkach dyplomatycznych w Dar es Salaam (1962–1965), w Buenos Aires (1967–1971) i w Nowym Jorku w ramach misji przy ONZ (1981–1986). Od 1992 do 1997 był ambasadorem Polski przy Biurze ONZ w Wiedniu. W latach 2000–2002 był ambasadorem RP w Hiszpanii z jednoczesną akredytacją w Księstwie Andory. Od 2002 do 2007 był stałym przedstawicielem RP przy NATO w Brukseli.
Od 2007 do 2010 pełnił funkcję prezesa Stowarzyszenia Euro-Atlantyckiego, później został wiceprzewodniczącym rady wykonawczej tej organizacji. W 2013 objął stanowisko profesora nadzwyczajnego na Akademii Finansów i Biznesu Vistula.
Odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski (1998)Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 23 października 1997 r. o nadaniu orderów ()., Odznaką Honorową „Bene Merito” (2012) oraz Medalem 100-lecia ustanowienia Sztabu Generalnego Wojska Polskiego (2018). W 2006 otrzymał ukraiński Order „Za zasługi” I klasy.
W 2014 nakładem wydawnictwa Bellona ukazały się jego wspomnienia Dyplomata: w salonach i politycznej kuchni.
Życie prywatne Żonaty z Izabellą Janowską-Nowak, z którą ma dwoje dzieci. Artur Domosławski w książce Kapuściński non-fiction określił Jerzego Nowaka jako najbliższego przyjaciela Ryszarda Kapuścińskiego.