Rok 2005 przyniósł jej debiut prozatorski: Cień BogaJoanna Krupińska-Trzebiatowska Cień Boga, Wydawnictwo i Poligrafia KPZP, Kraków 2005 – powieść z gatunku science fiction. W 2006 roku ukazał się Magiczny krągJoanna Krupińska-Trzebiatowska Magiczny krąg, Wydawnictwo Rupella, Kraków 2006, a w 2007 roku Związek bez zobowiązańJoanna Krupińska-Trzebiatowska Związek bez zobowiązań, Wydawnictwo Naukowe DWN, Kraków 2007. Rok 2008 przyniósł powieść DonosJoanna Krupińska-Trzebiatowska Donos, Wydawnictwo Naukowe DWN, Kraków 2008, a dwa lata później ukazał się Doktor QJoanna Krupińska-Trzebiatowska Doktor Q, Wydawnictwo i Poligrafia Zakonu Pijarów, Kraków 2010, oraz tomik poezji Taniec śmierciJoanna Krupińska-Trzebiatowska Taniec śmierci, Wydawnictwo i Poligrafia Zakonu Pijarów, Kraków 2010.
Kolejne powieści to Nieślubny syn (2011), Niedorzeczna miłość (2012) i wydana w 2015 roku Zdrada, książka, którą śmiało można zaliczyć do literatury faktu. Również w 2015 roku Joanna Krupińska-Trzebiatowska opublikowała kolejny tom poezji zatytułowany Trickster, a w 2017 Puste obłoki, ze słowem Kazimierza Świegockiego.